Sinopsis Zoids/Zoids Classic, Zoids: Chaotic Century, Zoids: Guardian Forces/ゾイド/Zoids: Di gurun terpencil di Planet Zi, seorang anak laki-laki bernama Van menemukan sebuah fasilitas yang ditinggalkan dan bobrok. Di dalam, ia menemukan kepompong buram yang pecah dengan sendirinya, dan robot mirip dinosaurus yang dikenal sebagai “Organoid” muncul dari cangkangnya. Van menamai makhluk itu Zeke dan mengklaimnya sebagai miliknya, namun sekelompok bandit mengejarnya untuk merebut Organoid tersebut. Para bandit dilengkapi dengan “Zoids”, unit mekanis mirip binatang yang digunakan untuk pertempuran. Van mampu menangkis pengejarnya dengan menghidupkan kembali dan bergabung dengan Zoid tua yang dijuluki “Shield Liger.”
Van kembali ke fasilitas dengan Zeke di belakangnya dan menemukan kepompong baru. Dia sangat gembira karena dia mungkin mendapatkan Organoid lain, tetapi ketika kepompongnya pecah, seorang gadis muncul darinya. Tidak mengetahui asal usulnya, gadis itu hanya ingat bahwa namanya adalah Fiona dan dia harus menemukan objek yang disebut “Zoid Eve”. Bertekad untuk memecahkan misteri di balik keberadaannya, Fiona bertualang bersama Van dan Zeke untuk mengungkap apa sebenarnya Zoid Eve. Ketiganya bertemu banyak teman dan musuh dalam petualangan mereka, menghadapi berbagai bahaya dan mengalami keceriaan saat mereka melakukan perjalanan.
